小昭寺始建于唐代，其寺名藏语称“甲达绕木契”、“惹谟伽神变寺”，甲达即指“汉人的”，绕木契意为大院子。还有将小昭寺称为“巴汉招庙”的，这些都是小昭寺较早的称谓。明末清初时，因蒙古人统治西藏，所以，在这一时期的史料中，对小昭寺的“昭”字又有写作召、招、诏等字的，这皆是蒙语，意为寺庙。

历史沿革

　　小昭寺的建立与文成公主和松赞干布的联姻有着密切的关系。公元641年，“唐王以释迦佛像，珍宝，金玉书橱，三百六十卷经典，各种金玉饰物作为（文成）公主的嫁奁。又给……卜筮经典三百种，识别善恶的明签，营造与工技著作六十种，……以车载释迦佛像，以大队骡马载珍宝、绸帛、衣服及日常必需用具（入吐蕃）。”①在文成公主进藏之前的公元634年，泥婆罗（尼泊尔）国王鸯输伐摩已经将其女尺尊公主嫁给松赞干布，尺尊公主入藏时亦随带着一尊释迦牟尼像，大乘佛教的经典著作，各种精巧的工艺品和工匠等等。文成公主进藏后不久，就协助尺尊公主修建了大昭寺，“与此同时，也从中原召来了很多良工巧匠修建惹谟伽神变寺。”（即小昭寺）。②

　　相传文成公主进藏时，由汉力士贾伽与鲁伽两个人用木车将释迦牟尼佛像送到西藏，到了现今的小昭寺处，木车沉陷在沙地之中，只好四面立柱，覆盖白绸供养。博学多才，笃信佛教的文成公主通过历算，得知此处是龙宫所在地，决定把释迦牟尼佛像安放在此地，建寺供奉，认为如此即能镇慑龙魔、国运昌盛。小昭寺的整体建筑，经过一年时间顺利竣工。随后，藏王松赞干布设广大庆筵，为之开光，声势浩大、壮观。

　　小昭寺的早期建筑系仿汉唐格式，崇楼峻阁，金碧辉煌，极为精美壮丽。盛极一时的小昭寺，在松赞干布死后，又曾一度冷落，苯教势力抬头。芒松芒赞执政时期（公元650—676年），闻知唐高宗派兵进藏，疑夺释迦牟尼铜像，便将释迦牟尼佛像从小昭寺迁移，封闭于大昭寺的南厢秘室中。同时，“所有住在拉萨惹谟伽寺（小昭寺）等处的和尚，一律被驱逐出境了。”③赤德祖赞（公元704—755年）即位后，于公元710年，又从唐朝迎娶了金城公主，进一步促进了汉地佛教在吐蕃的发展。金城公主嫁到吐蕃后，把原被封藏在大昭寺的文成公主带到吐蕃的佛像供奉于大昭寺，又取尺尊公主所携之释迦牟尼佛像，供奉于小昭寺，并安排了汉僧管理一切宗教仪式，于是，二佛像遂易寺而居。

　　朗达玛即位后（约公元九世纪中叶），对佛教采取了摧残的态度，强迫出家人改装还俗，“不愿还俗者多遭残杀，经典或埋或焚，或投河中，毁大昭寺、小昭寺释迦牟尼像，封桑鸢寺，余者多毁”（《西藏民族政教史》）。不久，吐蕃各地又暴发了奴隶起义，蔓延到吐蕃王朝统治下的大部分地区。奴隶暴动一直持续了九年（公元869—877年），吐蕃王朝从此崩溃，西藏分裂为许多小部落，各霸一方，各自为政，互相征战不已，佛教也一蹶不振，只有少数僧侣在家中秘密传习佛法，可见小昭寺亦随着当时的形势而遭到一定程度的破坏。

　　这种混乱局面一直延续了约两个世纪，到十一世纪四十年代，印度僧人阿底峡来藏讲经说法，翻译佛经。此时，佛教又重新抬头，小昭寺也得到维修保护。关于这一时期小昭寺的详细情况，史料缺乏，不敢妄加推测。